西暦2154年、人類はアルファ・ケンタウリ系惑星ポリフェマス最大の衛星パンドラで希少鉱物の採掘基地を開いていた。パンドラは地球の熱帯雨林を思わせる、密林に深く覆われた美しい未開の星であり、ジャングルには獰猛な野生動物たちと、ナヴィという人間型の種族が暮らしており、彼らがテリトリーとする森の奥には地球のエネルギー問題の解決の鍵となる希少鉱物アンオブタニウムの鉱床があり、人間との間で小競り合いが発生していた。
人間はパンドラの大気で呼吸できないため、屋外での活動にはエグゾパックというマスクを着用する必要があった。また、先住民であるナヴィと意思を疎通し交渉するために人間とナヴィの遺伝子を組み合わせ作りあげた肉体アバターが 用いられた。アバターの操縦は自身の遺伝子を提供した人間しか遠隔操作出来ない。この一方、操作していないときはアバターは制御されず周りの人間からは突 然仮死状態になったようにしか理解できないことになる。ナヴィの人々は人間と比べて文明度ははるかに劣り科学技術の恩恵はほとんど受けておらず呪術に縛ら れた生活をしているが、自然と共生し幸福に暮らしている。
トミー・サリーはアバターの操縦のために志願して遺伝子を提供したが、わずかな金目当ての強盗に射殺されてしまった。アバターの製作には多額の費用と時間が掛けられており、遺伝子を提供した本人でなければ操縦は出来ない。そこで急きょ一卵性双生児でサリーと同じ遺伝子を持つジェイク・サリーが代役を務めることになった。しかしジェイクは適正な教育訓練を受けておらず、荷が重すぎたが会社は多額の金銭の提供を条件に役割を受け入れさせた。ジェイクは代役として急遽パンドラに派遣され、アバターの操縦者を務めることになった。元海兵隊員の彼は地球での戦闘で下半身不随になっており、パンドラでの任務の報酬で足の治療を受けるつもりだった。しかしパンドラでは、アバターのボディを借りている間だけ、再び歩ける体を取り戻す事に気づく。ジェイクは採掘基地の傭兵隊長クオリッチ大佐と出会い、同じ軍関係者の誼もあり、ナヴィを偵察する密命を引き受けた。初期のジェイクは心理的に完全に人間 (会社) を準拠集団としていた。
ある日、アバターとしてフィールドワークに参加していたジェイクは仲間とはぐれ遭難し、ナヴィの女性ネイティリに助けられた。彼女は若くて勇敢な戦士であった。始めはジェイクに敵愾心を示すがやがて理解するようになり、やがては相思相愛の仲になる。ネイティリの父である部族の長老はジェイクの元戦士という経歴に興味を示し、シャーマンで ある長老の妻は、ジェイクの教育と訓練をネイティリに命じた。それは当初、ジェイクにとっても偵察に好都合だった。しかし、ナヴィと共に暮らし、パンドラ の自然の神秘を知り、ナヴィに受け入れられてゆくにつれ、自然と共生する生活を送るナヴィの人々に共感を抱くようになる。そしてやがてジェイクはパンドラ における人間の振る舞いについて疑問を持つようになっていった。
一方、RDA社は採掘の障害となるナヴィの存在に苛立ちを強めていた。最初はメディアの評価を気にして平和的な手段で立ち退きを模索しよとするが、 いかなる条件を出してもナヴィ側はそれを受けようとはしない。ジェイクも最初は人間側に立ってナヴィを説得しようとするがそれは果たせず、結果として人間 とナヴィの対立はやがて避けがたい武力衝突へ発展していく。
巨大なブルドーザーで強引に開発を進めようとするRDA社に対してネイティリは激しい怒りを感じるが、肝心のジェイクは、遠隔操作を食事により中断 しており適切な対応ができなかった。人間の環境破壊に業を煮やしたジェイクはついにナヴィ側に立ち人間と対峙する決心をする。ナヴィの人々に自分が人間側 のスパイであることを告白し、人間に刃向かうことの無謀さを説くが受け入れられず、逆にナヴィの人々の憎しみを買い、ネイティリに振られ、縛り上げられて しまう。
RDA社は業を煮やしてついに空中機動部隊を発進させナパーム弾で「ホーム・ツリー」の倒壊・破壊を目論む。戦いは一方的に傭兵に有利な状況で進ん でいく。モアトは最後の手段としてジェイクを頼る決心をし、彼を縛り上げている紐をナイフで切断し彼を解放した。ジェイクは一度失ったナヴィの人々の信頼 を回復するにはグレイト・レオノプテリックスを飼い慣らすことで、自分をナヴィの人々にトゥルーク・マクトと認めさせるしか方法はないと考え、リスクを覚 悟でそれに挑戦し、成功する。
トゥルーク・マクトになったジェイクは他のナヴィの部族を統合させ、人間に対する戦いに踏み切り、激戦の末勝利する。だがクオリッチ大佐は、アバ ターを操作するジェイクの動きを封じるべく、遠隔操作装置のあるコンテナを襲う。襲われたコンテナの遠隔操作装置の中のジェイクはマスクなしで外気に触れ ることになり緊急用のエグゾパックに手を伸ばすが手が届く前に意識を失ってしまう。
一方、ネイティリがサナターを連れてきて、それをAMPスーツを装着したクオリッチ大佐に嗾けるが、逆にサナターが仕留められてしまい、ネイティリ は動けなくなる。しかし、ネイティリが動けるようになり、ネイティリが放った矢で大佐は殺され、戦いはナヴィ側の勝利に終わる。その後、ネイティリはアバ ターのジェイクが仮死状態になったことで襲われたコンテナの中へ行き、ジェイクが倒れているところを発見し、緊急用のエグゾパックをジェイクの顔に当てて ジェイクを助ける。
寛大なナヴィの人々は人間に対する報復を自制し、選ばれた人を除き人間を地球に戻した。ジェイクは最後のビデオ記録で明日は自分のパーティーがあっ て自分が新たに誕生する日だと残し、遠隔操作装置によってではなく呪術とエイワの力により仮死状態のアバターが目を開き物語は大団円を迎える。
[Wikipedia参照]
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